Cuando viajo por trabajo el tema es mas simple.
Generalmente hago check-in online o en la terminal con las
maquinas automáticas, la ventaja es la rapidez y no hay que hacer la cola.

La desventaja es que no se pueden tomar las salidas de emergencia (por ley
se tienen que adjudicar viendo al pasajero, esto es por cuestiones de seguridad)
Niños, bebes y personas don poca movilidad no se pueden sentar.

Pero cuando se viaje en familia y con chicos el tema cambia.
Una buena ubicación puede hacer mas placentero el viaje a todos.

Cada avión y aerolínea tiene su configuración propia de asientos en la clase turista y la business, pero en general hay una serie de ubicaciones que son siempre buenas.

Me refiero a la primer fila del modulo turista, en el sector centrar (solo para personas con bebes) y en los laterales que son salidas también.

Puede que moleste un poco el ruido de la tripulación ya que esta cerca de la cocina del avión.

Pero en general es la mejor ubicación para dormir.
Tanto en el Boing 747 como el en Airbus 340 en su versión 300 y 600.
Me baso en viajes de largo alcance con Aerolíneas Argentinas, KLM, British, Iberia y Luftnansa.

Como recurso recomiendo estas webs:
http://www.lovemyseat.com
http://www.seatguru.com

Pero solo están las configuraciones de Lufthansa.
Seria bueno que la actualicemos entre todos.